Родился в Кингисеппе (Ленинградская область) в семье футболиста. В возрасте 11 лет поступил в СДЮШОР «Зенит», где тренировался под руководством Сергея Романова. После окончания выступал за футбольный клуб «Светогорец» (Светогорск). В 2000 году был приглашен на просмотр в футбольный клуб «Зенит».

В основной состав сине-бело-голубых пробился в 2001 году и за несколько лет сумел стать лучшим бомбардиром команды в истории российских первенств.

В 2002 был вызван Олегом Романцевым в сборную России, в составе которой дебютировал 27 марта в игре против Эстонии. Участвовал в чемпионате мира в Японии и Южной Корее и чемпионате Европы в Португалии. Лучший бомбардир сборной в квалификационном раунде Евро-2008.

В 2006 году Александр Кержаков перешел из «Зенита» в испанский клуб «Севилья», в составе которого выиграл Кубок УЕФА сезона-2006/07, стал обладателем Кубка и Суперкубка Испании. Год спустя вернулся в Россию, подписав контракт с московским «Динамо», в составе которого регулярно боролся за первые строчки в бомбардирских рейтингах России.

В 2007 году Кержакову было присвоено звание Заслуженного мастера спорта. Кроме того, нападающий входит в «Клуб 100» российских бомбардиров, учрежденный газетой «Спорт-Экспресс», Клуб Григория Федотова (включает футболистов, забивших более 100 мячей за карьеру), Клуб Игоря Нетто (для игроков, которые провели более 50 матчей за сборную России).

В январе 2010 года подписал четырехлетний контракт с «Зенитом». Является лучшим бомбардиром в истории клуба.